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如今醫院市場趨于飽和，特別是數量廣大的民營醫療機構。提高醫院的效率和效益是其必然的選擇，而醫院管理系統的建設越來越成為醫院發展的重中之重。

醫院管理系統作為當下一種先進的醫院信息化系統，是管理思路與信息技術相融合的產物，最終目標要實現資源的合理化配置，后勤成本、設備成本、人員成本等。所以在醫院管理系統的建設中，成本核算模塊的創建最為重要，遇到的問題主要可以分為以下四類：

（一）科室設置問題

 科室設置即成本責任中心及成本核算單元的確定，醫院如何分門別類科室？

 （二）成本形態及項目設置問題

成本按形態可以分為固定成本與變動成本；成本按責任歸屬可以分為可控的成本和不可控的成本。成本核算時要事先明確是可控的成本亦或是不可控的成本。

（三）分攤方案設置問題

如果使用分攤方案的費用需要達到總費用的 25%，那么需要分攤方案是成本核算的重要工作內容。

（四）數據來源問題

HRP 的數據來源于醫院HIS、LIS、PACS 系統，以及財務系統等，經常會由于種種原因造成數據差異，例如無法在 HIS 退費而直接到財務科室辦理退費造成的差異；學校學生體檢收入不入 HIS系統造成的差異；社區收入不入 HIS 系統造成的差異等。

在醫院管理系統建設過程中，成本核算是一個必不可少的基礎工程，需要投入足夠的耐心與精力才能做好。